Zeitlebens war Heinrich Hansjakob als sozial und historisch interessierter Mensch auch ein engagierter Politiker. Von 1871 bis 1881 bekleidete er das Amt eines Abgeordneten der Katholischen Volkspartei in der II. Kammer des Badischen Landtags, als Pfarrer von Hagnau am Bodensee im Wahlkreis Offenburg-Land gewählt. Ein Reichstagsmandat verpaßte er zweimal, 1874 und 1877, nur knapp. Erste politische Äußerungen sind bereits 1868 bekannt, als er in seinem Aufsatz Aus den Ferien für die Wochenzeitschrift Die katholische Welt die sozialen Verhältnisse im Kinzigtäler Kohlebergbau kritisierte und über „die liberalen Krämerseelen“ seiner Zeit klagt, gegen die „die südstaatlichen Sklavenhalter Nordamerikas noble Herren“ seien. Kurz darauf fiel er dem badischen Innenminister als Sympathisant der gegen die Staatsmacht rebellierenden Salpeterer auf. Als er sich jedoch im Badischen Kulturkampf gegen die Regierung stellte, war der Konflikt vorgezeichnet.

1869 wurde der 32jährige „Hetzkaplan“ aus dem badischen Schuldienst entlassen und mußte eine vierwöchige Haftstrafe auf der Festung Rastatt absitzen. Dazu schrieb er sein Buch Auf der Festung. Erinnerungen eines badischen Strafgefangenen. Als er sich als Badischer Landtagsabgeordneter erneut kritisch über die Regierung und Staatsbeamte äußerte, wurde er 1873 zum zweiten Mal inhaftiert. Seine Erlebnisse hierzu publizierte er unter dem Titel Im Gefängnis. Neue Erinnerungen eines badischen Staatsgefangenen. Aus demselben Jahr stammen auch seine Kampfschriften gegen den Liberalismus Das Narrenschiff unserer Zeit und Der Herr und sein Diener.

Als Hansjakob endlich einlenkte und sich 1878 im Landtag für das Nachgeben der Katholische Kirche im Kulturkampf aussprach und zur Aussöhnung zwischen Kirche und Staat auf¬rief, brachte er seine eigenen Parteifreunde gegen sich auf. Sie beschimpften ihn als „Abtrünnigen“. Von der katholischen Presse wurde er gar „heimlicher Lutheraner“ und „Freischärler“ genannt, wie in seinen Landtagserinnerungen In der Residenz von 1878 zu lesen ist.

Nach seinem Ausscheiden 1881 aus dem Landtag veröffentlichte Hansjakob nur noch einige Flugschriften wie Der Sozialdemokrat kommt! (1890) und Der Kapuziner kommt! (1902). Er distanzierte sich zunehmend von der Zentrumspartei, wie sich die Katholische Volkspartei seit 1888 nannte. Mit dem politischen Katholizismus und vor allem mit der katholischen Presse rechnete er 1913 in seinem Buch Allerlei Leute und allerlei Gedanken ab.